دائما ما تواجه وزارة التربية والتعليم مخالفات شديدة من قبل المدارس الخاصة وتتمثل في ارتفاع أسعار المدارس الخاصة والدولية وتغيير نظام التعليم بها وعدم وجود عقود للعاملين بها واستخدام ختم النسر لصالح أغراض شخصية من قبل ملاكها في بعض الأحيان لتتطور المخالفات إلي عدم تحية العلم المصري في طابور الصباح بعد انتهاء الاذاعة المدرسية .
كان أبرز المدارس التي رفضت تحية العلم المصري في طابور الصباح ما يسمي بالمدرسة البريطانية الدولية ادارة الشيخ زايد بالجيزة حيث وجهت الوزارة اتهام للمدرسة بعدم تحية العلم في طابور الصباح وعدم تدريس المناهج الأساسية ومدرسة القاهرة BBC بإدارة السلام التعليمية والتي رفضت تنفيذ تحية العلم وعدم ترديد النشيد الوطني .
وزارة التربية والتعليم كان رد فعلها تجاه هذه المدارس أنها اكتفت بإرسال انذار فقط ولم تكن هذه هي المرة الأولي فقد اكتشفت الوزارة في عهد الرئيس الأسبق مبارك وعهد الأخوان أيضا وكان رد فعلها سلبي ولم تتخذ إجراء مناسب أو رادع .
النائبة ماجدة نصر عضو لجنة التعليم بالبرلمان أكدت لــ "انفراد " أن هذا الأمر خطير ومتعلق بغرس روح الانتماء لدي طلاب المدرسة مطالبه بأن يكون هناك عقاب رادع من قبل الوزارة ومؤكده أنها ستناقش هذا الأمر داخل لجنة التعليم بالبرلمان .
الدكتور كمال المغيث الخبير التربوي أكد لــ " انفراد " أن التعليم يعاني تراجع كبير وفوضي هائلة تتمثل في احتجاجات أولياء الأمور المستمرة التي تؤثر علي صناع القرار داخل الوزارة مشيرا الي ان المدارس الخاصة تضرب بقوانين الوزارة عرض الحائط .
وعن عدم تحية العلم أشار المغيث أن فكرة تحية العلم الأصل في المواطنة والانتماء الوطني والتفريط فيها واحدة من أكثر من المخالفات التي ينبغي تجريمها مضيفا أن القرار الوزاري الخاص بالتعليم الخاص ينص علي خضوع جميع المؤسسات التعليمية في مصر لنفس نظم الادارة التي تتعرض لها كل المؤسسات ومخالفتها للوائح المالية والإدارية مطالبا بوقفة واضحة مع هذه المدارس والتهديد بعقوبات رادعة .
