بدأ التفكير فى إنشاء جهاز متخصص فى أعمال المكافحة مع بداية عام 1947، وتعددت القرارات المنظمة لإنشاء هذا الجهاز بداية من عام 1976، وبصدور القرار الوزارى رقم 1224 لسنة 76 وانتهاء بصدور القرار الوزارى رقم 7153 لسنة 95 بشأن إعادة تنظيم عمل الإدارة بالتوسع فى إنشاء فروع ومناطق جغرافية جديدة، ومع بداية عام 1998، سعت الإدارة لمد مظلة مكافحة التهرب إلى كل محافظات الجمهورية خاصة فى المناطق الصناعية والمجتمعات العمرانية الجديدة.
ويشتمل الهيكل التنظيمى للإدارة حاليًا للإدارات والأقسام مجموعة من الإدارات النوعية والمناطق الجغرافية .
ومع بداية عام 1998 سعت الإدارة لمد مظلة مكافحة التهرب إلى كل محافظات الجمهورية خاصة فى المناطق الصناعية والمجتمعات العمرانية الجديدة.