نص قانون مكافحة الإرهاب رقم 94 لسنة 2015 على عدد من القرارات تتخذها المحكمة مع كل حكم بالإدانة فى جرائم الإرهاب، حيث نصت المادة 39 على، "مع عدم الإخلال بحقوق غير حسنى النية، تقضى المحكمة فى كل حكم يصدر بالإدانة فى جريمة إرهابية، فضلاً عن العقوبة المقررة للجريمة، بمصادرة الأموال والأمتعة والأسلحة والأدوات والمستندات، وغيرها مما استخدم فى ارتكاب الجريمة أو تحصل عنها، وبحل الجماعة الإرهابية وإغلاق مقارها وأمكنتها فى الداخل والخارج، فضلاً عن إغلاق أى مكان تم فيه تصنيع أو تصميم الأسلحة بمختلف أنواعها، المستخدمة فى ارتكاب أية جريمة إرهابية، وغيرها مما يكون قد استعمل أو أعد للاستعمال من قبل الإرهابى أو الجماعة الإرهابية.
كما تقضى المحكمة عند الحكم بالإدانة، بمصادرة كل مال ثبت أنه مخصص للصرف منه على الأعمال الإرهابية، وبإدراج المحكوم عليه والكيان الذى يتبعه فى القوائم المنصوص عليها فى القانون رقم 8 لسنة 2015".
وفى باب العقوبات بالقانون، نصت المادة 12 على، " يُعاقب بالإعدام أو السجن المؤبد كل من أنشأ أو أسس أو نظم أو أدار جماعة إرهابية، أو تولى زعامة أو قيادة فيها.
ويُعاقب بالسجن المشدد كل من انضم إلى جماعة إرهابية أو شارك فيها بأية صورة مع علمه بأغراضها، وتكون العقوبة السجن المشدد الذى لا تقل مدته عن عشر سنوات إذا تلقى الجانى تدريبات عسكرية أو أمنية أو تقنية لدى الجماعة الإرهابية لتحقيق أغراضها، أو كان الجانى من أفراد القوات المسلحة أو الشرطة.
ويُعاقب بالسجن المؤبد كل من أكره شخصاً أو حمله على الانضمام إلى الجماعة الإرهابية، أو منعه من الانفصال عنها، وتكون العقوبة الإعدام إذا ترتب على الإكراه أو الحمل أو المنع وفاته".