يواجه المتهمون الـ44 بـ"تنظيم أجناد مصر" تهم تنفيذ مجموعة من الجرائم الإرهابية التى استهدفت المؤسسات العامة ورجال الشرطة والمدنيين، ومن بين العمليات التى ارتكبوها 5 عمليات رئيسية وهى:
العملية الأولى: انفجار جامعة القاهرة
فى الـ28 من مارس 2015 شهد محيط جامعة القاهرة انفجار عبوتين ناسفتين، ونتج عن الانفجارين استشهاد العميد طارق المرجاوى رئيس مباحث قطاع غرب الجيزة وإصابة 3 ضباط آخرين.
العملية الثانية: تفجير سيارة العميد أحمد زكى
يوم الأربعاء الموافق 23 أبريل من عام 2014 استشهد العميد أحمد زكى الضابط بقطاع الأمن الوطنى، عقب زرع عبوة ناسفة أسفل سيارته، وأسفر الحادث عن حدوث إصابات خطيرة للمجند قائد السيارة.
العملية الثالثة: استشهاد نقيب المفرقعات بانفجار محيط الطالبية
فى السادس من يناير من عام 2015 استشهد النقيب ضياء فتوح، أثناء محاولته إبطال مفعول عبوة ناسفة زرعت بمحيط قسم شرطة الطالبية.
العملية الرابعة: انفجار دار القضاء
فى الثانى من مارس من عام 2015 انفجرت عبوة ناسفة بمحيط دار القضاء، ما أسفر عن إصابة 3 ضباط شرطة و4 مجندين و4 مواطنين مدنيين.
العملية الخامسة: استهداف سفارة الكونغو
فى الساعات الأولى من صباح يوم الأربعاء الموافق 25 مارس من عام 2015، أطلق 3 من المتهمين فى القضية النار على الخدمة الأمنية المتواجدة بمحيط سفارة الكونغو، وأسفر الحادث عن استشهاد مجند شرطة وإصابة آخر.
ويواجه المتهمون مجموعة من التهم منها القتل العمد، والشروع فى القتل، والانضمام لجماعة أسست على خلاف القانون، وحيازة أسلحة وذخيرة، وحيازة مواد مفرقعة.