نظم الفصلان الرابع والخامس بالمادتين (29)، و(30) من مشروع قانون الجمارك الجديد أحكام الرقابة الجمركية فى كل من المناطق الحرة والمناطق الاقتصادية ذات الطبيعة الخاصة دون إخلال بالأحكام الخاصة الواردة بالقوانين المنظمة لهما.
ونصت المادة (29) على أنه يتعين على الهيئة العامة للاستثمار والمناطق الحرة قبل الترخيص بإنشاء المناطق الحرة استطلاع رأى مصلحة الجمارك فى الشروط والمواصفات المطلوبة، ويُعد عدم رد المصلحة خلال 15 يوم عمل من تاريخ ورود الطلب موافقة منها على السير فى إجراءات الترخيص، وفى جميع الأحوال يتم إخطار المصلحة بصدور قرار مزاولة النشاط أو تعديله أو إلغائه لتحقيق الرقابة الجمركية.
وللمصلحة بالتنسيق مع الهيئة العامة للاستثمار دخول المناطق الحرة والاطلاع على الأوراق والسجلات والوثائق والمستندات أيا كان نوعها وإجراء الجرد لمشروعات هذه المناطق وإتمام المطابقات للتأكد من صحة الأرصدة، على أن توافى الهيئة المشار إليها بنتيجة الجرد والمطابقة، وذلك وفقاً لما تحدده اللائحة التنفيذية من إجراءات وترتيبات خاصة بالرقابة الجمركية.
وفيما يتعلق بالمناطق الاقتصادية ذات الطبيعة الخاصة نصت المادة (30) من مشروع القانون على أنه يتعين على الهيئة المختصة بإدارة المنطقة الاقتصادية ذات الطبيعة الخاصة وتنميتها إخطار مصلحة الجمارك بالترخيص الصادر منها للمشروع بنظام المناطق الاقتصادية ذات الطبيعة الخاصة، ولا يجوز البدء فى مزاولة النشاط المرخص به إلا بعد صدور قرار الوزير أو من يفوضه باعتبار المساحة المرخص بها دائرة جمركية.
ولمصلحة الجمارك الاطلاع على الأوراق والسجلات والوثائق والمستندات أيا كان نوعها وإجراء الجرد لمشروعات المناطق الاقتصادية ذات الطبيعة الخاصة وإتمام المطابقات اللازمة على الأرصدة، وذلك وفقاً لما تحدده اللائحة التنفيذية من إجراءات وترتيبات خاصة بالرقابة الجمركية.