حدد قانون تنظيم إدارة المخلفات 7 موارد لجهاز تنظيم المخلفات، ونصت المادة رقم (12) على أن تتكون موارد الجهاز مما يأتى:
1 - المبالغ التي تخصص له في الموازنة العامة للدولة .
2 - المنح والهبات والتبرعات والإعانات التي يقبلها مجلس الإدارة بما لا يتعارض مـع أغراضـه .
3 - حصيلة رسوم إصدار التراخيص والتصاريح والموافقات التي يصدرها الجهاز، ومقابل الموافقة علي التنازل عن التراخيص للغير بما لا يجاوز مائتي ألف جنيه عن كل ترخيص أو تصريح أو موافقة، ويصدر بتحديد فئاتها قرار من الوزير المختص بعد موافقة مجلس الإدارة، ويحصل هذا الرسم بنظام الدفع الإلكتروني أو نقدا بموجب إيصال سداد .
4 - مقابل الأعمال أو الاستشارات الفنية والتوصيات أو الخدمات التي يؤديها الجهاز للغير .
5 - عوائد استثمار أموال الجهاز .
6 - الغرامات التي يحكم بها فى الجرائم ومقابل التصالح المنصوص عليها في هذا القانون.
7- حصيلة المقابل الذي يتحمله المنتج نظير قيام الجهة الإدارية المختصة بالتخلص الآمن من المخلفات الناتجة عن تلك المنتجات، بالإضافة لأى موارد أخري يوافق عليها مجلس إدارة الجهاز بما لا يتعارض مع أغراضه .
وتنص المادة (13)، على أن يكون للجهاز موازنة مستقلة تعد علي نمط موازنات الهيئات العامة الاقتصادية، وتبدأ السنة المـالية للجهاز مع بداية السنة المـالية للدولة وتنتهي بنهايتها، وتودع جميع حسابات الجهاز في حساب الخزانة العامة الموحد في البنك المركزي المصري، ويرحل الفائض المحقق سنويًا من موارده الذاتية من سنة مالية إلي أخرى.