تتكون موارد صندوق الوقف الخيرى من فوائض حسابات اللجنة العليا للخدمات الإسلامية والاجتماعية وصناديق النذور وصناديق إعمار المساجد القائمة فى نهاية السنة المالية، فوائض ريع الوقف القائمة في نهاية السنة المـالية، والتبرعات والهبات والمنح النقدية أو العينية التي يتلقاها من الأشخاص الطبيعية والاعتبارية والتى يقبلها مجلس إدارة الصندوق بما لا يتعارض مع أغراض الصندوق، بالإضافة لعائد استثمار أموال الصندوق، وذلك وفقا للقانون رقم 145 لسنة 2021.
ويكون للصندوق موازنة مستقلة، وتبدأ السنة المـالية للصندوق مع بداية السنة المـالية للدولة وتنتهي بانتهائها، كما يكون للصندوق حساب خاص برقم موحد بأي من البنوك الخاضعة لإشراف ورقابة البنك المركزي المصري أو الهيئة القومية للبريد ، تودع فيه جميع موارده ويرحل فائض أموال الصندوق من سنة مالية إلي أخري ، ويتم الصرف من الحساب وفقًا للقواعد التي يصدر بها قرار من مجلس إدارة الصندوق طبقًا للائحة التنفيذية لهذا القانون .
ومع عدم الإخلال بأحكام القانون رقم 182 لسنة 2020 بإلغاء الإعفاء المقرر علي عوائد أذون الخزانة والسندات والأرباح الرأسمالية الناتجة عن التعامل في هذه الأذون والسندات من الضريبة علي الدخل، تعفي أموال وعوائد الصندوق من جميع الضرائب والرسوم ، ولا تسري علي الصندوق أحكام قانون ضريبة الدمغة ورسم تنمية الموارد المـالية للدولة ، كما لا يخضع لأي نوع من الرسوم والضرائب المباشرة، الضريبة علي القيمة المضافة التي يقع عبؤها مباشرة علي الصندوق ، وتخصم التبرعات الموجهة للصندوق من الوعاء الضريبي للمتبرعين طبقًا للنسبة المحددة قانونًا ، علي أن يكون الإعفاء في حدود أهدافه.