حدد القانون 4 موارد مالية لهيئة النقل النهري، ونصت المادة 18 من قانون رقم 167 لسنة 2022، بإصدار قانون إعادة تنظيم الهيئة العامة للنقل النهرى، علي تتكون موارد الهيئة مما يأتي:
- حصيلة الرسوم المشار إليها في المادة 14من هذا القانون ومقابل الخدمات التي تحصلها الهيئة من جهات الدولة أو القطاع الخاص، ودون الإخلال بالإعفاءات المقررة لتلك الجهات بموجب القوانين والقرارات المنظمة.
- حصيلة إدارة واستغلال والتصرف في الأراضي والعقارات المملوكة للهيئة ملكية خاصة، والتي تباشر أنشطتها فيها، وعائد استثمار أموال الهيئة.
- المنح والتبرعات والهبات التي يقبلها مجلس الإدارة في ضوء القواعد والأحكام المقررة في هذا الشأن بما لا يتعارض مع أغراض الهيئة، وبعد موافقة الجهات المختصة بالدولة.
- القروض التي يقترح مجلس إدارة الهيئة عقدها بما لا يتعارض مع أغراضها، وباتباع الإجراءات اللازمة والمقررة في هذا الشأن.
عمل التشريع على إعادة تنظيم الهيئة من خلال إحلال الهيئة العامة للنقل النهرى، محل إدارات الملاحة الداخلية المختصة بالمحافظات، فى إصدار التراخيص الملاحية للوحدات النهرية غير الآلية، والعائمات الثابتة، والذهبيات، وأطقم العاملين عليها، كما يستهدف تحديث البنية الأساسية الملاحية من خلال تطوير الخطوط الملاحية المائية والأهوسة الملاحية التابعة للهيئة وصيانتها بما يحقق الاستفادة منها، إضافة إلى رفع كفاءة مرفق النقل المائى بالمياه الداخلية وتطويره بما يُحقق استغلاله على الوجه الأمثل وفق أسس فنية واقتصادية سليمة تكفل أداء دوره فى التنمية القومية ووضع تخطيط شامل لمرفق النقل النهرى وجميع الأعمال الصناعية المتعلقة به واعتماد البرامج والمشروعات اللازمة والإشراف على تنفيذها.
وطبقا لنص القانون، بالمادة 12: فقد منحت لمجلس إدارة الهيئة العامة للنقل النهرى - دون غيره - الحق فى الترخيص بإنشاء وإدارة وتشغيل وصيانه الموانئ والأرصفة والمراسى على نهر النيل وقنواته الملاحية وتحديد مقابل استخدامها لتداول البضائع والمهمات والمواد بكافة أنواعها، والحاويات وحالات الإعفاء من التراخيص والرسوم وذلك بعد الحصول على موافقة مجلس الوزراء، فى حالة الترخيص بإنشاء الموانئ مع إعفاء إنشاء المراسى والأرصفة للجهات الحكومية الأمنية والخدمية.