نص قانون جهاز تنظيم إدارة المخلفات، على أن يكون للجهاز مجلس إدارة، يشكل برئاسة الوزير المختص، وعضوية عدد لا يزيد علي اثني عشر عضوًا يمثلون الجهات الإدارية المختصة والخبراء والجامعات ومراكز البحوث.
ولرئيس مجلس الإدارة دعوة ممثل مفوض عن الوزارات المختصة أو الجهات المعنية لحضور اجتمــاعات مجلس الإدارة عند منــاقشة الموضوعات الواقعــة في اختصــاصها، كما له الاستعانة بمن يراه من ذوي الخبرة لبحث مسائل معينة أو الاشتراك في مناقشتها، دون أن يكون لأي منهم حق التصويت في المداولات، ويصرف لمن يدعي للحضور بدل حضور الجلسات المقرر.
ويصدر بتشكيل مجلس الإدارة وتحديد مكافأة الأعضاء وبدل حضور الجلسات قرار من رئيس مجلس الوزراء بناءً على عرض من الوزير المختص، وذلك لمدة ثلاث سنوات قابلة للتجديد لمدة واحدة مماثلة.
ولمجلس الإدارة أن يشكل من بين أعضائه لجنة أو أكثر يعهد إليها ببعض المهام، كما يجوز لمجلس الإدارة أو رئيسه أن يفوض الرئيس التنفيذي للجهاز في بعض اختصـاصات المجلـس.
ويمتنع على أي عضو الاشتراك في المداولات أو التصويت في الشئون المعروضة على مجلس الإدارة في حالة وجود أي تعارض مصالح بين مصلحته الشخصية والموضوع المعروض له أو لأحد من أقاربه حتى الدرجة الثانية، وتحدد اللائحة التنفيذية لهذا القانون الإجراءات اللازمة لتنفيذ ذلك.