أعفى قانون صندوق رعاية المبتكرين والنوابغ، عوائد الصندوق والتسهيلات الائتمانية الممنوحة له من جميع الضرائب والرسوم ولا تسري على الصندوق أحكام قانون ضريبة الدمغة ورسم تنمية موارد الدولة، كما لا يخضع لأي نوع من الرسوم والضرائب المباشرة المفروضة حاليًا أو التي تفرض مستقبلاً.
وتخصم التبرعات الموجهة للصندوق من الوعاء الضريبي للمتبرعين طبقًا للنسبة المحددة قانونًا.
ويتولى إدارة الصندوق مجلس إدارة، يشكل بقرار من رئيس مجلس الوزراء، برئاسة الوزير المختص بالبحث العلمي، وعضوية كل من:
المدير التنفيذي للصندوق.
ستة أعضاء من ذوي الخبرة على أن يكون أحدهم من مركز البحوث الفنية التابع للقوات المسلحة.
وتكون مدة عضوية مجلس الإدارة عامين قابلة للتجديد، ولمجلس الإدارة أن يشكل لجنة أو أكثر يعهد إليها بصفة مؤقتة ببعض المهام، وله أن يفوض ريس مجلس الإدارة في بعض المهام الداخلة في اختصاصاته عدا المنصوص عليها في البندين رقمي (1، 2) من المادة (9) من هذا القانون.
وينوب المدير التنفيذي عن رئيس مجلس إدارة الصندوق في حالة غيابه عن اجتماعات مجلس الإدارة.
الجدير بالذكر أنه، يفرض لصالح الصندوق رسم ترخيص يحصل لمرة واحدة عند إصدار قرار تشغيل الجامعات الخاصة والأهلية مقداره (5%) من الموازنة المعتمدة للجامعة، كما يفرض رسم إضافي مقداره (5%) من الموازنة السنوية للجامعة الخاصة والأهلية عند إصدار قرار الموافقة على تعديل البيانات الخاصة بملاكها.
كما يفرض رسم سنوي مقداره (2%) من المصروفات الدراسية لطلاب الجامعات الخاصة والأهلية مقابل الخدمات التي يقدمها الصندوق للنوابغ والمبتكرين من طلاب تلك الجامعات ويصدر قرار من الوزير المختص بالتعليم العالي بإجراءات ومواعيد تحصيل وتوريد هذا الرسم.