يرجع وجودها إلى عام 1884 مع ظهور المحاكم الأهلية فى مصر.. محكمة جنوب القاهرة أو "محكمة باب الخلق" كما تعرف بين المواطنين.. كان أول رئيس لها هو القاضى إبراهيم فؤاد باشا، وحملت وقتها اسم "محكمة مصر الأهلية" ثم أصبح اسمها "سراى القضاء العالى"، بعد أن ضمت بين جدرانها محكمة استئناف مصر ومحكمة النقض، ومقر النائب العمومى.
فى 4 أبريل 2013، تعرضت المحكمة لحريق هائل شب فى الطابق الأخير منها، فأتى تماما على كل ما فيه، وبعد معاينة المبنى أوصت اللجنة الهندسية المختصة بترميم المبنى، وقبل هذا الحريق الهائل نقلت جلسات المحكمة جزئيا إلى محكمة زينهم الجديدة، بعد أن أصبحت محكمة جنوب القاهرة غير قادرة على استيعاب كم القضايا وكم المتقاضين المترددين عليها، حيث يصل عدد المترددين على المحكمة سنويا حوالى 3 ملايين مواطن ما بين محام وقاض وشاهد ومدع، الأمر الذى دفع وزارة العدل إلى إنشاء مبنى جديد للمحكمة بمنطقة زينهم يضم 31 قاعة للجلسات ومكون من تسعة أدوار، افتتحه المستشار الراحل ممدوح مرعى وقت أن كان وزيرا للعدل.
أعلنت وزارة العدل خطة عقب الحريق الذى تعرضت له، لبدء ترميمها وتحويل هذا المبنى التاريخى العريق إلى متحف قضائى يحكى تاريخ العدالة فى مصر بداية من المحاكم الأهلية وحتى الحريق الذى نشب بالمبنى عام 2013، ولكن حتى الآن لم تنفذ وزارة العدل خطتها حتى أصبح هذا المبنى التاريخى على صورته الحالية "البائسة والمزرية" ليتحول من مبنى عتيق لأقدم محكمة انشأت فى تاريخ مصر، لمكان مهجور.
أكدت وزارة العدل، أن عملية الترميم بحاجة إلى مبالغ ضخمة، خاصة أنها محكمة تاريخية عاصرت فترات مهمة من تاريخ مصر، ومطلوب لترميمها اشتراطات معينة، بحكم تسجيلها ضمن المبانى ذات الطابع الخاص.
شهدت المحكمة العريقة قضايا أخرى شهيرة نظرت بداخلها ، مثل أحداث يناير 1977، وقضية الجاسوس عزام عزام، ونواب القروض، وقضية مركز ابن خلدون، وغيرها الكثير من القضايا التى تتعلق بسياسيين ووزراء.