قرر مهاب الصياد، مدير نيابة الخليفة والمقطم الجزئية، برئاسة المستشار جمال الجبالى، رئيس النيابة، تشكيل لجنة من الآثار لفحص مقتنيات مسجد الرفاعى بالقلعة وبيان أثريتها من عدمه، وإعداد تقرير بذلك لتسجيلها فى وزارة الآثار، وذلك على خلفية واقعة سرقة 6 مشكاوات أثرية، وأمرت النيابة العامة بالتحفظ على غرفة القاعة الملكية بالمسجد .
وانتدبت النيابة العامة، فى وقت سابق، خبراء مصلحة تحقيق الأدلة الجنائية لرفع البصمات والمعاينة التصويرية لمسجد الرفاعى بالقلعة،وتبين من معاينة النيابة العامة والفحص عدم وجود أى كاميرات مراقبة داخل القاعة الموجود بها المشكاوات، وكشفت التحقيقات الأولية أن الحجرتين اللتين وقعت فيهما السرقة بمثابة أضرحة ولا تقام فيهما شعائر الصلاة، وأن المشكاوات معلقة على ارتفاع عال، وتم تعليتها بعد تعرضها للسرقة منذ عدة سنوات.
وكان اللواء خالد عبد العال، مدير أمن القاهرة، تلقى إخطارا من قسم شرطة الخليفة بورود المحضر المحرر بمعرفة مقدم أحمد عادل ضابط مباحث آثار منطقة مسجد السلطان حسن باكتشافهم سرقة مشكاوات أثرية من عهد الخديوى عباس حلمى موجودة بحجرة دفن الملك فؤاد بالقاعة الملكية بمسجد الرفاعى، وتحرر عن ذلك المحضر 11جنح الخليفة.
وناقش العميد أحمد عودة مدير آثار القاهرة مفتش آثار المنطقة والمسئول عن عهدة المسجد الموظف بوزارة الأوقاف.
وتعود المشكاوات المختفية لعام 1328 هـ وهى مصنوعة من الزجاج المموه بالمينا عليها نقش باسم الخديوى عباس حلمى الثانى وكتابات بخط الثلث المملوكى لأية من سورة النور"الله نور السموات والأرض مثل نوره كمشكاة فيها مصباح".