قدمت النيابة العامة عدة توصيات لتفادى حوادث القطارات توصلت إليها بعد انتهاء تحقيقاتها فى واقعة حادث "محطة مصر".
- الارتقاء بمستوى فكر ووعى العاملين بالهيئة من خلال منظومة للتدريب.
- أن يكون التدريب من أشخاص ذوى خبرة من خارج الهيئة.
- إنشاء معهد لتأهيل وإعداد قادة قطارات السكك الحديدية.
- تطوير منظومة تأمين حركة القطارات وآليات التحكم وتشغيلها إليكترونيًا.
- الإقلال من تدخل العنصر البشرى فى منظومة التأمين.
- تزويد القطارات بكاميرات المراقبة؛ لحسن انضباط العمل بها.
- وضع منظومة للجزاءات تغلظ العقوبات على الإهمال وعدم اتباع التعليمات.