تختص النيابة الإدارية بالتحقيق في المخالفات التأديبية التي تتضمنها البلاغات الواردة إليها من الجهات الخاضعة لولايتها، أو من أي جهة رسمية أو رقابية، أو شكاوى العاملين بالجهات أو شكاوى غيرهم من آحاد الناس.
كما تتولى الطعن في أحكام هذه المحاكم ومباشرة كافة الطعون أمام المحكمة الإدارية العليا، وهي النائبة عن المجتمع في تعقب المخالفات التأديبية التي تقع من الفئات الخاضعة لولايتها مستهدفة حماية المال العام، وضمان حسن سير المرافق العامة وتحقيق العدالة التأديبية واكتشاف أوجه الخلل والقصور في النظم والإجراءات الإدارية والمالية.
وتصدر النيابة الإدارية نوعين من القرارات القضائية:
الأول: قرارات تصدرها بوصفها سلطة التحقيق التأديبي، وهى:
1. قرار إحالة الموظف إلى التحقيق أمامها من تلقاء نفسها دون ضرورة الحصول على موافقة جهة الإدارة (المحكمة الإدارية العليا، الطعن رقم 3133 لسنة 42 ق جلسة 15 فبراير 2017).
2. قرار وقف المتهم عن العمل احتياطيا علي ذمة التحقيق لمدة ثلاثة شهور استنادا للمادة 83 من القانون رقم 47 لسنة 1978.
3. قرار ضبط وإحضار الشهود للتحقيق أمام النيابة الإدارية.
4. قرارات تفتيش أماكن العمل، وتفتيش أشخاص ومنازل الموظفين المتهمين، التى تملك النيابة الإدارية إصدارها وفقا لأحكام القانون 117 لسنة 1958.
الثانى: قرارات تصدرها بوصفها سلطة الاتهام والإدعاء التأديبي وتشمل:
1. قرار الإحالة إلى المحكمة التأديبية، إذ إن النيابة الإدارية بعد انتهائها من التحقيق الذى تجريه تترخص وحدها بمطلق سلطتها التقديرية فى تحديد جسامة الجريمة التأديبية ومدى الخطورة الإجرامية لمرتكبها ومدى صلاحيته للبقاء فى الوظيفة العامة، وعلى ضوء ما تستقر عليه عقيدتها في هذا الشأن تصدر قرارا بإحالة القضية إلي المحكمة التأديبية دون الرجوع إلى جهة الإدارة أو الحصول على موافقتها قبل إقامة الدعوى التأديبية "المحكمة الإدارية العليا، الطعن رقم 3749 لسنة 31 ق، جلسة 27 فبراير 1988".
2. قرار تحريك الدعوي الجنائية عن الجرائم الجنائية التى تتكشف لها أثناء التحقيق وذلك بإحالتها مباشرة إلى النيابة العامة لإعمال شئونها حيالها.
3. قرار الطعن على الأحكام التأديبية أمام المحكمة الإدارية العليا إذ تفحص النيابة الإدارية أحكام المحاكم التأديبية الصادرة فى الدعاوى التأديبية للتحقق من صحتها.