يعانى قصر محمد على من إهمال قاتل، إذ تسكن الخفافيش والكلاب القصر الذى يُعَد أقدم مبنى فى السويس، بعدما كان تحفة فنية ومعمارية على مر التاريخ، ويقع القصر فى منطقة الخور القديم فى المحافظة، وبنيئ القصر عام 1811، وكان مكانا لإشراف والى مصر على إنشاء أول ترسانة بحرية فى المنطقة.
واستخدم إبراهيم باشا نجل محمد على، القصر كمركز لمتابعة تحركات الجيوش والقوات البحرية فى الحرب ضد محمد بن عبد الوهاب فى السعودية، حيث يتواجد فى القصر خرائط للحروب ضد الوهابية، ومقتنيات من أسرة محمد على، فضلا عن أخشاب قادمة من فرنسا وقبة تاريخية.
وظل القصر التاريخى ضمن ممتلكات أسرة محمد على فى مصر، حتى قامت ثورة يوليو عام 1952، حينها تحول القصر إلى مبنى ديوان لمحافظة السويس حتى عام 1958، ثم مبنى لمديرية الأمن، ومنها إلى محكمة شرعية وسجل مدنى، وتحول الطابق العلوى من القصر إلى قسم شرطة حى السويس قديما.
ومن جانبه، قال مصدر بديوان المحافظة السويس، وأنهم كانوا بصدد إقامة مشروع ثقافى فى قصر محمد على عام 2011، بمعاونة باحثة تعد رسالة ماجستر عن ترميم آثار أسرة محمد على، وتبرعت بأجرها فى ترميم القصر مقابل استخدامه فى أبحاثها، لكن بسبب أن القصر أصبح مأوى للخفافيش والكلاب الضالة لم يتم استكمال الاتفاق.