دخل المنتخب الوطنى كأس الأمم الأفريقية عام 2006 بمعنويات مختلفة بعدما نجح حسن شحاته المدير الفنى للفراعنة آنذاك فى صناعة جيل جديد للكرة المصرية بقيادة عماد متعب وحسنى عبد ربه وأحمد فتحى وأحمد حسام ميدو وعمرو زكى ، بالإضافة لبعض عناصر الخبرة على رأسهم حسام حسن وعصام الحضرى وعبد الظاهر السقا وأحمد حسن .
وظن البعض أن المنتخب لن يستطيع مجاراة اللاعبين الأفارقة أصحاب الخبرات العالية أمثال لاعبى منتخب كوت ديفوار والكاميرون والسنغال وغيرهم من المنتخبات الأفريقية صاحبة الصيت ، إلا أن لاعبو الفراعنة نجحوا فى استثمار الملعب وتشجيع الجماهير
المجموعات
بدأ المنتخب الوطنى دور المجموعات بالفوز على المنتخب الليبى بثلاثية نظيفة أحرزها احمد حسام ميدو وأحمد حسن ومحمد أبو تريكة ، ثم التعادل السلبى أمام المغرب فى الجولة الثانية للمجموعة ، وفى الجولة الختامية حقق المنتخب الوطنى أفضل نتائجه بالفوز على كوت ديفوار بثلاثة أهداف مقابل ليتأهل لدور الثمانية ليواجه منتخب الكونغو ويحقق فوزا كبيرا بأربعة أهداف مقابل هدف .
الدور قبل النهائى
واجه المنتخب الوطنى نظيره السنغالى فى أقوى لقاءات المجموعة وحقق الفراعنة الفوز بهدفين مقابل هدف بعد مباراة عصيبة ليـتأهل المنتخب ليواجه كوت ديفوار فى نهائى البطولة .
نهائى البطولة
يضغط المنتخب الوطنى بغية أحراز هدف السبق وبالفعل يحتسب حكم اللقاء ضربة جزاء لمحمد بركات إلا أن أحمد حسن يهدرها بغرابة شديدة ليحتكم الفريقان لركلات الترجيح وينجح عصام الحضرى فى التصدى لركلتى جزاء ويحقق المنتخب لقب البطولة بامتياز .