تشهد الآثار الضخمة في الجيزة ومعابد طيبة الرائعة على عظمة المدن الفرعونية القديمة ومع ذلك كان من الصعب العثور على آثار لهذه المراكز الحضرية الرائعة فقد لف الغموض هذه المدن التي كانت مزدهرة ذات يوم، وظل روعتها ضائعة في التاريخ حتى العصر الحديث حين قام علماء الآثار ببعض الاكتشافات المفاجئة.
وتعد مدينة ثونيس -هيراكليون Thonis-Heracleion المفقودة في مصر القديمة واحدة من أعظم الاكتشافات المغمورة التي اكتشفها علماء الآثار على الإطلاق فقد ظلت لآلاف السنين مخبأة تحت الماء ، ولم يسجل وجودها إلا في عدد قليل من النقوش النادرة والنصوص القديمة وفقا لما ذكره موقع ناشيونال جيوجرافيك.
وقد ازدهر هذا الميناء عند مصب نهر النيل في القرن السابع قبل الميلاد، وعُرفت المدينة التي كانت ميناء أيضا باسم Thonis عند المصريين و Heracleion عند الإغريق ، وازدهرت كمركز حيوي للتجارة والثقافة ، ثم اختفت حين غمرها الماء بشكل مفاجئ.
وقد وقعت مدينة هيراكليون على بعد حوالي 32 كم (20 ميل) شمال شرق الإسكندرية على البحر الأبيض المتوسط وتوجد بقاياها في خليج أبو قير وتم العثور على دلائل بالموقع تشير إلى أن المدينة عرفت في وقت متأخر من تاريخها بأسمائها المصرية واليونانية.
وتعود بدايات Thonis الأسطورية إلى القرن الثاني عشر قبل الميلاد وقد ذكرها المؤرخون اليونانيون القدماء وقد نمت أهميتها بشكل خاص خلال الأيام الأخيرة للفراعنة.
في نهاية القرن الثاني قبل الميلاد وربما بعد فيضان شديد ، خضعت الأرض التي بنيت عليها جزيرة هيراكليون المركزية لإسالة التربة وتحول الطين الصلب بسرعة إلى سائل وانهارت المباني في الماء وبقي عدد قليل من السكان في العصر الروماني وبداية الفتح العربي ولكن بحلول نهاية القرن الثامن الميلادي ، غرق ما تبقى من ثونيس تحت الماء .