واحد من الألغاز التاريخية التي لا يزال تحتاج إلى إجابات هو مكان مقبرة الملكة العظيمة نفرتيتي زوجة الفرعون اخناتون، والتي استطاعت أن تصل إلى حكم مصر، إذ كانت ملكة مصر القديمة في فترة ثراء كبير وكانت والدة توت عنخ آمون، وهناك اعتقادات أنها حكمت بعد وفاة زوجها كملكة على الرغم من اختلاف علماء حول هذا الأمر.
يعتقد بعض علماء المصريات أنه قبل فترة حكم الملك توت عنخ آمون مباشرة في القرن الرابع عشر قبل الميلاد، حكمت نفرتيتي –التي تزوجت ابنتها من توت عنخ آمون– البلاد بوصفها فرعونا، وإن لم يدم ذلك إلا لفترة قصيرة. ولم يُعثر قط على مقبرتها في وادي الملوك.
ووفقا لنظرية لعالم الأثار المصرية الدكتور زاهي حواس، فمن المرجح أن تكون "نفرتيتي"، دفنت في منطقة تل العمارنة وأن تكون مقبرتها دمرت لاحقًا، حيث انتقلت مع أخناتون من طيبة إلى تل العمارنة، وعاشت معه لفترة طويلة هناك، في ظل الصراع الذي كان محتدمًا بين كهنة آمون وأخناتون في تلك الفترة.
عموماً فإن الفترة الأخيرة من حكم "إخناتون" وقبل أن يتولى "توت عنخ آمون" الحكم ما زالت تحتاج إلى كثير من الدراسات، وخصوصاً لأنها فترة غامضة، ولذلك فقد عاشت "عنخ إس إن آمون" بالعمارنة، وبعد أن تزوجها "توت عنخ آمون" عاشت داخل القصر الملكي في منف، وكانا يذهبان إلى طيبة خلال الاحتفالات الدينية الخاصة.
ولذلك نؤكد أنها قد دُفنت بوادي الملوك الغربي بجوار زوجها الثاني الملك "آي"، وفي هذا المكان أبحث عن مقبرتها... وقد عرفنا أن هذه الملكة بعد وفاة الفرعون الذهبي "توت عنخ آمون" أرسلت خطاباً إلى ملك الحيثيين من مقدمته نفهم أنها غير سعيدة أو غير موافقة على الزواج من ذلك الرجل الذي يريد أن يتزوجها لكي يأخذ شرعية الجلوس على عرش مصر.
فيما يرجح علماء آخرون أن تكون الملكة نفرتيتى دفنت فى البر الغربى، نظرًا لأنها كانت متزعمة حركة الصلح، ولآن أجدادها مدفنون بتلك المنطقة، وربما خوفًا من أن يلحق وينبش الكهنة فى مقبرتها إذا دفنت فى تل العمارنة، فهناك احتمال 80% من أن تكون الملكة نفرتيتى دفنت فى البر الغربى.