يتفاعل الأزهر مع مؤسسات الدولة بشكل كبير ويعمل بمثابة بيت خبرة ليقدم لهذه المؤسسات ما تحتاج إلى معرفته من أحكام شرعية تتعلق بعملها، ولذا تواصل الأزهر مع العديد من المؤسسات قبل عقد مؤتمره ليقف على أهم القضايا التى تحتاج هذه المؤسسات من الأزهر رأيا فيها، ومن ذلك وزارة الداخلية وقد سبق بيان الرأى الشرعى فى بعض المسائل التى تعمل عليها كقضية الثأر، ومشكلة الانتحار، والجماعات المتطرفة والإرهابية، وهذه الأخيرة وهى الجماعات الإرهابية ومشكلة الإرهاب بصفة عامة للأزهر فيها جهود ضخمة تقتضيها ضخامة المشكلة، فقد عقد الأزهر العديد من المؤتمرات والندوات، بداية من مؤتمر الأزهر فى مواجهة الإرهاب والتطرف فى 2104م وحتى يومنا هذا، وخرج بالعديد من النتائج والتوصيات المشخصة للمشكلة والكاشفة لزيف الجماعات التى تقف خلف الإرهاب،حيث تحاول إظهار نفسها على أنها تمثل الدين الصحيح وتنطلق من منطلقاته، وهو ما بين الأزهر خطأه وفند شبههم التى يبررون بها أعمالهم الإجرامية، كما أنشأ مرصد الأزهر الإلكترونى لينازل الجماعات المتطرفة والإرهابية فى ميادينهم الإلكترونية ،ويتابعهم على مدار اليوم راصدا مناهجهم وشبههم ومتتبعا لهم بالرد والتفنيد، كما يتولى مجمع البحوث الإسلامية فحص الكتب التى تضبط فى أيدى هؤلاء الإرهابيين بواسطة قوات الأمن والجيش، أو تنتشر فى أيدى الناس عن طريق المكتبات التى لا تتحرى المصداقية ولا تفرق بين الغث والسمين فى طريقها لتحقيق الربح ولو كان بترويج الكتب التى تحمل الفكر الضار وتروج له، ومن المشكلات الواردة من الوزارات وزارة السياحة والآثار، حيث تعانى الجماعات المتشددة مشاكل فى فكرها تجاه السياحة والسائحين وكذا الآثار وزائريها، ولذا كان من موضوعات المؤتمر التى خرج بنتائج محددة تحمل أجوبة على تساؤلات المسؤولين عن الآثار والسياحة بشكل واضح وصريح، حيث بين نتائج المؤتمر أن السياحة مقبولة شرعا لا مشكلة فيها، فهى نوع من التواصل بين الأمم والتعارف والاطلاع على حضارات الآخرين ولا تعدم نصا أو أكثر يدل على مشروعيتها، وتعد تأشيرة الدخول التى يحصل عليها السائح عقد أمان يضمن تأمينه حتى يعود إلى بلاده ومعاقبة من يتعرض له بأى نوع من الإيذاء بذات العقوبة التى يعاقب بها المعتدى على مواطن من مواطنى الدولة: «السياحة أمر تقره الشرائع السماوية ويجب علينا تصحيح ثقافة الناس تجاهها، كما يجب على الدولة حمايةُ السَّائحين، ومنع الاعتداء عليهم بأيَّة صورة من صور الاعتداء أو الإيذاء، كما يجب معاقبةُ المعتدِى عليهم بالعقوباتِ المقرَّرة الواردة فى هذا الشأن، وتُعدُّ تأشيرة الدخول الصادرة من الدولة عقدَ أمانٍ يجب الوفاء به شرعًا».
كما بين المؤتمر الرأى الشرعى فى الآثار، فبين أنها موروث ثقافى تحفظ تاريخ الأمم لأجيالها، وأنها ليست أصناما، وأنها ملك للشعوب تديره الدولة حتى لو وجدت فى ملكيات خاصة، وأنه لا يجوز الاعتداء عليها بأى نوع من الاعتداء ولايجوز بيعها، ويلزم معاقبة من يفعل شيئا من ذلك بعقوبات رادعة:
«الآثارُ موروثٌ ثقافيٌّ يُعرِّف بتاريخ الأمم والحضارات، ولا تُعدُّ أصنامًا ولا أوثانًا -كما يَزعمُ أصحاب الفكر الضالّ- فلا يجوز الاعتِداء عليها ولا فعل ما يغيِّر من طبيعتها الأصلية، وهى ملك للأجيال كافة، تُدِيرها الدولةُ لصالحها، حتى لو عُثِر عليها فى أرض مملوكة للأشخاص أو الهيئات، ويجب تشديد العقوبات الرادعة عن بيعِها أو تهريبِها خارج البلاد». وللحديث بقية.