كشفت الاتهامات الموجه للمتهمين فى تفجيرات الكنائس عن أسماء قيادات تنظيم داعش والعقل المدبر لتنفيذ تفجيرات الكنائس الثلاثة والتى تم إحالتها للقضاء العسكرى، و تضم 48 متهماً بالانضمام إلى تنظيم داعش، والاشتراك فى تنفيذ العمليات الإرهابية التى استهدفت كنائس البطرسية بالعباسية، ومارى جرجس بطنطا، والمرقسية بالإسكندرية، بالإضافة استهداف كمين النقب بالوادى الجديد.
وكشفت أوراق القضية أن المتهمين عزت محمد حسن "هارب" ومهاب مصطفى السيد قاسم "هارب"، وعمرو سعد عباس إبراهيم" هارب"، تولوا قيادة جماعة إرهابية الغرض منها الدعوة إلى الإخلال بالنظام العام وتعريض سلامة المجتمع ومصالحو وأمنه للخطر وتعطيل أحكام الدستور والقانون ومنع مؤسسات الدولة والسلطات العامة من ممارسة أعمالها والاعتداء على الحرية الشخصية للمواطنين والحريات والحقوق العامة والإضرار بالوحدة الوطنية والسلام الاجتماعى والأمن القومى، بأن تولوا تأسيس وإدارة خلية بالجماعة المسماة "بداعش"، والتى تدعوا لتكفير الحاكم وشرعية الخروج عليه وتغيير نظام الحكم بالقوة والاعتداء على القضاة وأفراد القوات المسلحة والشرطة ومنشأتهم، واستباحة دماء المسيحيين واستحلال أموالهم وممتلكاتهم ودور عبادتهم واستهداف المنشآت العامة، وكان الإرهاب من الوسائل التى تستخدمها الجماعة لتحقيق اغراضها.
كما كشفت الأوراق عن مشاركة القيادات الثلاثة بالتنظيم بإعداد وتحريض الانتحاريين المنفذين فى العمليات الارهابية الثلاثة بالإضافة للاشتراك فى عملية التنفيذ.
حيث وضع المتهمان عزت محمد حسن "هارب" ومهاب مصطفى السيد قاسم "هارب"، خطط التنفيذ وحددا فيه دور كل منهم برصد الكنائس، والوقوف على مداخلها ومخارجها وأوجة تأمينها بدافع القتل وإزهاق الأرواح وما أن تيقنوا من إمكانية استهدافها حتى جهز المتهم الثالث وعمرو سعد عباس إبراهيم" هارب" الحزام الناسف وتولى المتهم حسام نبيل بدوى نقل الأحزمة الناسفة وتوصيل الانتحاريين والتى تحتوى على 5 كيلو جرام مخلوط من المواد المتفجرة المتكونة من نترات الأمونيوم ومفجر كهربائي حتى وصلولهم على مقربة من الكنيسة.