منذ عام 2013، دخل تنظيم الإخوان الإرهابى في سلسة من الأزمات متعددة المستويات قانونية تنظيمية، فكرية، سياسية- محلياً وإقليمياً ودولياً، حيث ساهمت هذه الأزمات في إحداث عملية انكشاف لبنية التنظيم، ليظل السؤال عن حقيقة أوضاع التّنظيم من الداخل وفاعليته خاصة في ظل الانقسام الهيكلي الذي يُعانيه منذ 2013. وتداعيات ذلك على أوضاع قواعده.
دراسة لمركز "الإنذار المبكر" للدراسات الاستراتيجية، أكدت أن بعد عزل الجماعة الإرهابية من الحكم في 30 يونيو كشفت عن ملامح مرحلة الصدمة الأولى للتنظيم والتي دفعت نحو انقسام داخلي أنتج جبهتين مُستقلتين داخل التنظيم الإرهابية.
وأضافت الدراسة وفي ظل غَضب القواعد من إدارة القيادات القديمة للصراع، وكمحاولة لإحتواء ذلك الغَضب، وأنه مع مُحاولة تَسيير التنظيم كانت الخلافات الدّاخلية بين دوائر القيادة العُليا بالتنظيم تتراكم ويتزايد وتيرتها في الخفاء قبل أن يخرج الصراع إلى العلن.
وتابعت الدراسة أنه على الجانب المقابل لصراع القيادة كان الصراع يمتد بالتبعية إلى القواعد والتي انقسمت بين الجبهتين، وسعت القيادة التاريخية إلى التّمييز المالي تجاه أنصار المكتب العام كأداة ضغط لإعادتهم إلى طاعتهم، لكنها عمليا لم تستطع ضبط مسار التمويل الداخلي، وهو ما تسبب في الكثير من الخلافات الداخلية داخل الكيان الإرهابي.