حدد قانون البناء عقوبة من يخل بمهام وظيفته، فيما يتعلق بتراخيص المباني والمنشآت والتعلية والهدم واعتماد مشروعات التقسيم، وتنص المادة (99) على أن يعاقب بالحبس الذى لا تزيد مدته على خمس سنوات وبالغرامة التى لا تقل عن خمسين ألف جنيه ولا تزيد على مائتي ألف جنيه، أو بإحدى هاتين العقوبتين كل من أخل عمدًا بأى من مهام وظيفته المنصوص عليها فى المواد (17، 18، 29 فقرة ج، 32، 36، 37، 39، 40، 44، 62 فقرة ثالثة، 96، 113 الفقرتين الثالثة والرابعة) من هذا القانون، ويجوز الحكم فضلاً عما تقدم بالعزل من الوظيفة، وتتعدد العقوبات بتعدد المخالفات.
وتكون العقوبة الحبس والغرامة التى لا تقل عن عشرة آلاف جنيه ولا تزيد على مائة ألف جنيه أو بإحدى هاتين العقوبتين إذا كان الإخلال ناشئًا عن الإهمال أو الرعونة أو عدم الاحتراز.
وتنص المادة (17) التي شملت العقوبة مخالفة أحكامها، على أن تلتزم الجهة الإدارية المختصة بشئون التخطيط والتنظيم بالوحدة المحلية بإعطاء أصحاب الشأن بيانًا بصلاحية الموقع من الناحية التخطيطية والاشتراطات البنائية الخاصة بالموقع وذلك بمراعاة أحكام المادة (19) من هذا القانون.
وتنص مادة (39) الفقرة الأولى، على أن: "يُحظر إنشاء مبان أو منشآت أو إقامة أعمال أو توسعها أو تعليتها أو تعديلها أو تدعيمها أو ترميمها أو هدم المباني غير الخاضعة لقانون هدم المباني غير الآيلة للسقوط جزئيًا أو كليًا أو إجراء أى تشطيبات خارجية دون الحصول على ترخيص في ذلك من الجهة الإدارية المختصة بشئون التخطيط والتنظيم وفقًا للاشتراطات التخطيطية والبنائية الواردة ببيان الصلاحية الساري للموقع على النحو الذي تبينه اللائحة التنفيذية لهذا القانون".
وتنص مادة (44): على أنه "لمجلس الوزراء بقرار مسبب من المحافظ المختص بعد موافقة المجلس المحلي وقف الترخيص في المدن أو المناطق أو الشوارع تحقيقا لغرض قومي أو مراعاة لظروف العمران أو إعادة التخطيط، علي ألا تجاوز مدة الوقف 6 اشهر من تاريخ نشر القرار في الوقائع المصرية"، وبالتالي تنطبق العقوبة الواردة المادة (99) على مخالفة هذه المواد.