ذكر قانون البحيرات والثروة السمكية الصادر برقم 146 لسنة 2021، أن جهاز حماية وتنمية البحيرات والثروة السمكية له عدد من الصلاحيات التي من بينها ما يلى:
١ - إعداد خطط وبرامج أنشطة الجهاز وإجراءات تنفيذها واعتمادها .
٢ - دراسة التشريعات والاتفاقيات المتعلقة بحماية وتنمية البحيرات والثروة السمكية واقتراح ما يراه فى شأنها .
٣ - الموافقة على إنشاء فروع الجهاز .
٤ - اعتماد الهيكل التنظيمى للجهاز بعد أخذ رأى الجهاز المركزى للتنظيم والإدارة.
٥ - إصدار اللوائح المالية والإدارية والفنية ولوائح شئون العاملين والتعاقدات والمشتريات وغيرها من النظم الداخلية المتعلقة بالجهاز ، وذلك دون التقيد بالقوانين أو اللوائح أو القرارات المعمول بها فى الجهاز الإدارى للدولة أو أى جهة أخرى .
٦ - الموافقة على مشروع الموازنة السنوية للجهاز والحسابات الختامية والقوائم المالية .
٧ - قبول المنح والتبرعات والهبات فى مجال أنشطة الجهاز.
٨ - الموافقة على عقد اتفاقيات القروض فى مجال تحقيق أغراض الجهاز .
٩ - إقرار قواعد الاستعانة ببيوت الخبرة الفنية المحلية والأجنبية وتحديد المقابل أو المكافآت التى تمنح لها .
١٠ - إقرار التعاقدات والتصرفات والأعمال التى تمكن الجهاز من مزاولة نشاطه .
١١ - النظر فيما يرى رئيس مجلس الإدارة أو المدير التنفيذى للجهاز عرضه على المجلس .
١٢ - أية موضوعات أخرى تدخل فى نطاق اختصاص الجهاز .
١٣ - إعداد تقرير سنوى يرفع إلى رئيس الجمهورية يتضمن على الأخص ما حققه الجهاز من نتائج تتعلق بأهداف هذا القانون .