تضمن قانون تنظيم الجامعات عددا من الاختصاصات للمجلس الأعلى للجامعات، أبرزها رسم السياسة العامة للتعليم الجامعى والبحث العلمى فى الجامعات، والعمل على توجيهها وتنسيقها، بما يتفق مع حاجات البلاد وتيسير تحقيق الأهداف القومية والاجتماعية والاقتصادية والعلمية للدولة.
وفيما يلى نستعرض أبرز اختصاصات المجلس الأعلى للجامعات..
رسم السياسة العامة للتعليم الجامعى والبحث العلمى فى الجامعات والعمل على توجيهها وتنسيقها بما يتفق مع حاجات البلاد وتيسير تحقيق الأهداف القومية والاجتماعية والاقتصادية والعلمية للدولة.
التنسيق بين نظم الدراسة والامتحان والدرجات العلمية فى الجامعات.
التنسيق بين الكليات والمعاهد والأقسام المتناظرة فى الجامعات.
تحديد وإنشاء تخصصات الأستاذية فى الجامعات.
التنسيق بين أعضاء هيئة التدريس فى الجامعات.
تنظيم قبول الطلاب فى الجامعات وتحديد أعدادهم.
رسم السياسة العامة للكتب والمذكرات الجامعية ووضع النظم الخاصة بها.
رسم الإطار العام للوائح الفنية والمالية والإدارية لحسابات البحوث وللوحدات ذات الطابع الخاص فى الجامعات.
وضع اللائحة التنفيذية للجامعات واللوائح الداخلية للكليات والمعاهد.
المتابعة الدورية لتنفيذ سياساته وقراراته فى الجامعات.
إبداء الرأى فى مقدار الإعانة الحكومية التى تمنح سنويا لكل جامعة.
إبداء الرأى فيما يعرضه عليه وزير التعليم العالى أو إحدى الجامعات من مسائل.
إبداء الرأى فيما يتعلق بمسائل التعليم فى مستوياته ونوعياته المختلفة.
وضع النظم الخاصة بتقويم وتطوير الأداء الجامعى.
وضع الضوابط العامة لتوزيع العمل بين أعضاء هيئة التدريس والأساتذة المتفرغين والأساتذة غير المتفرغين على نحو يحقق الاستفادة الكاملة من خبرتهم جميعًا، وبالصورة التى تحقق التطوير المستمر للتعليم فى المرحلة الجامعية الأولى وفى مرحلة الدراسات العليا والماجستير والدكتوراه.