نص قانون الجمارك الجديد، على أن "يتعين علي الهيئة العامة للاستثمار والمناطق الحرة قبل الترخيص بإنشاء المناطق الحرة استطلاع رأي المصلحة في الشروط والمواصفات المطلوبة، ويعد عدم رد المصلحة خلال خمسة عشر يوم عمل من تاريخ ورود الطلب موافقة منها علي السير في إجراءات الترخيص ، وفي جميع الأحوال يتم إخطار المصلحة بصدور قرار مزاولة النشاط أو تعديله أو إلغائه لتحقيق الرقابة الجمركية .
وللمصلحة بالتنسيق مع الهيئة العامة للاستثمار دخول المناطق الحرة والاطلاع علي الأوراق والسجلات والوثائق والمستندات أيًا كان نوعها وإجراء الجرد لمشروعات هذه المناطق وإتمام المطابقات للتأكد من صحة الأرصدة ، علي أن توافي الهيئة المشار إليها بنتيجة الجرد والمطابقة ، وذلك وفقًا لمـا تحدده اللائحة التنفيذية لهذا القانون من إجراءات وترتيبات خاصة بالرقابة الجمركية.
هذا وتتولي المصلحة أعمال الرقابة الجمركية ، وإتمام الإجراءات الجمركية اللازمة للتخليص والإفراج عن البضائع الواردة والصادرة والعابرة، وتحصيل الضريبة الجمركية وجميع الضرائب والرسوم الأخرى المستحقة عليها ، وإدارة نظامي السماح المؤقت ورد الضريبة ، وتطبيق القوانين واللوائح والقرارات المتعلقة بعمليات دخول وخروج وعبور البضائع .