نص قانون تنظيم الجامعات أنه ينشأ بالوزارة المختصة بالتعليم العالى مجلسان أحدهما للجامعات الخاصة يسمى "مجلس الجامعات الخاصة"، والآخر للجامعات الأهلية يسمى "مجلس الجامعات الأهلية"، يشكل كل منهما برئاسة الوزير المختص بالتعليم العالى، وعضوية كل من:
رؤساء الجامعات الخاصة (بالنسبة لمجلس الجامعات الخاصة) ، ورؤساء الجامعات الأهلية (بالنسبة لمجلس الجامعات الأهلية) .
أمين المجلس الأعلى للجامعات .
أمين المجلس الأعلى للمستشفيات الجامعية .
مستشارى الوزير فى الجامعات .
ثلاثة من رؤساء مجالس أمناء الجامعات يتناوبون العضوية فيما بينهم دوريًا كل سنة بحسب أقدمية إنشاء الجامعة .
خمس من الشخصيات العامة والخبراء فى التعليم ، يختارهم الوزير .
ثلاثة من رؤساء الجامعات المملوكة للدولة ، يرشحهم المجلس الأعلى للجامعات ، وتكون مدة عضويتهم سنة قابلة للتجديد لمرة واحدة .
ويصدر بتشكيل كل من المجلسين قرار من رئيس مجلس الوزراء بناءً على عرض الوزير المختص بالتعليم العالى .
ويكون لكل مجلس من المجلسين أمين يختاره الوزير المختص بالتعليم العالى لمدة سنتين قابلة للتجديد ، على أن يكون عضوًا بالمجلس .
ولكل من المجلسين أن يدعو لحضور اجتماعاته من يرى الاستعانة بهم من رؤساء مجالس الأمناء والخبراء المتخصصين دون أن يكون لهم صوت معدود