نص قانون تنظيم الجامعات الخاصة والأهلية أنه يختص كل من مجلس الجامعات الخاصة، ومجلس الجامعات الأهلية بمتابعة وتطوير وضمان جودة العملية التعليمية والبحثية بالجامعات التابعة له، ولكل مجلس فى نطاق اختصاصه على الأخص ما يأتى :
١ - رسم السياسة العامة للتعليم الجامعى والبحث العلمى بالجامعات التابعة له والعمل على تنسيقها مع مؤسسات التعليم العالى الأخرى، وذلك فى إطار السياسة العامة للتعليم العالى والبحث العلمى التى تضعها الدولة بما يتفق وحاجة البلاد .
٢ - متابعة سير العملية التعليمية والبحثية بالجامعات التابعة له من خلال التقارير السنوية لأدائها ومتابعة تطبيق المعايير القياسية والمعتمدة ومناقشة الجداول الزمنية للتقدم إلى الهيئة المختصة بضمان جودة التعليم والاعتماد .
٣ - دراسة تقارير الهيئة المختصة بضمان جودة التعليم والاعتماد فيما يخص الجامعات التابعة له ، واتخاذ ما يلزم من إجراءات وفقًا للقانون المنظم لتلك الهيئة .
٤ - التنسيق بين نظم الدراسة والامتحان والدرجات العلمية فى الجامعات التابعة له فى إطار السياسة العامة للتعليم العالى.
٥ - تنظيم قبول الطلاب وتحديد أعدادهم وفقًا لمعايير الجودة فى نطاق القواعد العامة للقبول بالتعليم العالى التى تضعها الدولة لقبول الطلاب .
٦ - المتابعة الدورية لتنفيذ سياساته وقراراته فى الجامعات التابعة له .
٧- دراسة ما يعرض على المجلس من حالات مخالفة الجامعة التابعة له للقانون أو اللائحة أو قرار إنشائها أو تنظيمها أو قرارات المجلس واقتراح التدابير الكفيلة بإزالة أسباب المخالفة ومتابعة مدى تنفيذها .
٨ - إبداء الرأى فيما يعرضه عليه الوزير المختص بالتعليم العالى.