تضمنقانون الجمارك، عددا من العقوبات، حيث نص القانون على أن "مع عدم الإخلال بأي عقــوبة أشــد ينص عليها أي قانون آخر، يعاقب ربابنة السفن أو قادة الطائرات ووسائل النقل الأخرى أو من يمثلوهم، بغرامة مقدارها ثلاثون ألف جنيه إذا ارتكبوا أحد الأفعال الآتية:
-عـــدم تقــديم قــــائمة الشحـــن أو مــلاحقهــا أو الكشــوف المنصــوص عليهــــا في المـادتين (46 ، 47) من هذا القانون أو التأخر عن الميعاد المحدد.
-إغفال ما يجب إدراجه في قائمة الشحن أو إدراج بيان غير صحيح بها.
-نقل السفن التي تقل حمولتها عن مائتي طن بحري لبضائع ممنوعة أو خاضعة لضرائب باهظة أو التجول أو مخالفة وجهة السير داخل نطاق الرقابة الجمركية ما لم يكن ذلك ناشئًا عن قوة قاهرة أو طوارئ بحرية.
-رسو السفن في غير الموانئ المعـــدة لذلك أو في قنــاة الســـويس أو بحـــيراتها أو ممراتها أو في مصبي النيل دون إذن سابق من الجمرك المختص ما لم يكن ذلك ناشئًا عن قوة قاهرة أو طوارئ بحرية.
-هبوط الطائرات في غير المطارات المزودة بمكاتب للجمارك إلا في حالات القوة القاهرة أو الحادث الفجائي.
-مغادرة السفن أو الطائرات أو وسائل النقل الأخرى الدائرة الجمركية دون موافقة مـن المصلحـة.
-تفريغ البضائع داخل الدائرة الجمركية في غير الأماكن المخصصة لذلك.
- شحن البضائع أو تفريغها داخل الدائرة الجمركية دون موافقة من المصلحة وحضـور موظفيهـا .
ويعاقب بغرامة تعادل نصفالضريبية الجمركيةالمعرضة للضياع فضلاً عن الضرائب والرسوم المستحقة كل من تسبب بطريق الإهمال في النقص غير المبرر للبضائع عما هو مدرج بقائمة الشحن أيًا كان نظام الإفراج الجمركي.
وفي حالة الزيادة غير المبررة للبضائع وكذلك الزيادة التي تظهر عند جرد المخازن المؤقتة أو المستودعات أو المناطق الحرة أو المناطق الاقتصادية ذات الطبيعة الخاصة أو الأسواق الحرة دون أن تكون مدرجة في السجلات ، يعاقب المتسبب في ذلك بغرامة تعادل نصف الضريبة الجمركية المقررة علي البضائع الزائدة.