حدد قانون الجمارك آلية ترخيص المستودعات الجمركية، وأوضح أن ترخيص إنشاء المستودعات الجمركية يكون بقرار من الوزير أو من يفوضه ، وللمصلحة أن ترخص بإجراء بعض العمليات علي البضائع المودعة في المستودعات بما فيها السماح بنقل ملكيـة البضـائـــــع .
وتحدد اللائحة التنفيذية للقانون أنواع المستودعات ، والشروط الواجب توافرها بها ، والعمليات التي تتم بداخلها ، والبضائع التي تودع فيها بما في ذلك التي يستلزم تخزينها شروطـًا خاصة ، ومدة بقائها ، وضمانات أداء الضرائب والرسوم المستحقة ، والجعالة الواجب أداؤها للمصلحة عن مدة الترخيص ، والقواعد الأخرى المتعلقة بها .
ووفقا للقانون تتولي مصلحة الجمارك أعمال الرقابة الجمركية ، وإتمام الإجراءات الجمركية اللازمة للتخليص والإفراج عن البضائع الواردة والصادرة والعابرة ، وتحصيل الضريبة الجمركية وجميع الضرائب والرسوم الأخرى المستحقة عليها ، وإدارة نظامي السماح المؤقت ورد الضريبة ، وتطبيق القوانين واللوائح والقرارات المتعلقة بعمليات دخول وخروج وعبور البضائع .
كما تتولي المصلحة أعمال الرقابة الجمركية فيما يتصل بحماية حقوق الملكية الفكرية الخاصة بالبضائع علي امتداد الإقليم والخط الجمركيين ، كما لها أن تتخذ جميع الإجراءات التي تراها كفيلة لتأمين وتيسير حركة التجارة الدولية وذلك بالتنسيق والتعاون مع غيرها من الجهات المختصة .
وللمصلحة أن تتخذ أو تطلب من الجهات المختصة اتخاذ جميع التدابير التي تراها كفيلة بمنع التهريب ، ولها أن تتبع البضائع المستوردة التي يتم عرضها للبيع عن طريق المواقع الإلكترونية ، وكذا البضائع المنقولة داخل البلاد بنظام الترانزيت غير المباشر وذلك بجميع الوسائل المتاحة بما فيها التتبع الإلكتروني ، ويجوز بقرار من الوزير أو من يفوضه اتخاذ تدابير خاصة داخل نطاق الرقابة الجمركية لمراقبة بعض البضائع .