نص قانون تنظيم العمل في المستشفيات الجامعية، على أن ينشأ بكل جامعة مجلس تنسيقي للشئون الصحية، يشكل برئاسة عميد كلية الطب، يضم في عضويته عمداء كليات القطاع الصحي بالجامعات، والمدير التنفيذي للمستشفيات الجامعية، ويتولى هذا المجلس متابعة تنفيذ السياسات العامة للمستشفيات الجامعية في نطاق جامعته، والتنسيق بين كليات القطاع الصحي بالجامعة بهدف الارتقاء بالخدمات الصحية في الجامعة علاجيًا وتدريبيًا وتعليميًا وبحثيًا.
ويكون للمستشفيات الجامعية مجلس إدارة برئاسة عميد كلية الطب، ويتولى أمانة المجلس المدير التنفيذي للمستشفيات الجامعية. وتحدد اللائحة التنفيذية لهذا القانون تشكيل المجلس، ومجلس إدارة المستشفيات الجامعية هو السلطة المهيمنة على شئونها، وتصريف أمورها ووضع خطط العمل التي تحقق أغراضها في نطاق السياسات العامة التي أقرها المجلس الأعلى للمستشفيات الجامعية، وله على الأخص ما يأتي:
- اقتراح اللوائح المتعلقة بالشئون الفنية والإدارية والمالية وغيرها، وتصدر تلك اللوائح بقرار من الوزير المختص بالتعليم العالي بعد موافقة المجلس الأعلى للمستشفيات الجامعية ووزارة المالية بناءً على عرض رئيس الجامعة.
- وضع النظام الداخلي للعمل في المستشفيات ووحداتها العلاجية، وتحديد اختصاصاتها، والوصف العام لواجبات العاملين فيها.
- الموافقة على مشروع الموازنة السنوية للمستشفيات الجامعية وحسابها الختامي قبل عرضه على الجهات المختصة.
- النظر في التقارير الدورية التي يقدمها المدير التنفيذي للمستشفيات الجامعية عن سير العمل بها، ومركزها المالي.