ذكر قانون تنمية المشروعات المتوسطة والصغيرة أنه لا يجوز الجمع بين الحوافز المقررة في قانون المشروعات وبين الحوافز المقررة بمقتضى قانون الاستثمار الصادر بالقانون رقم 72 لسنة 2017 ، وذلك وفقا للضوابط التى تحددها اللائحة للقانون.
كما تنص المادة رقم 38 من القانون على أنه يشترط للتمتع بالحوافز الضريبية الواردة في هذا الباب إمساك دفاتر وحسابات منتظمة على النحو الذى تحدده اللائحة التنفيذية للقانون .
ووفقا للقانون لا تتمتع المشروعات والشركات والمنشآت الداعمة المخاطبة بأحكام الفصل الثالث من هذا الباب بالمزايا والحوافز المقررة لها بحسب الأحوال في القانون في أى من الحالتين الآتيتين:
1- إذا كان صاحب المشروع أو المساهم فيه وأى من المشروعات التى لا تندرج ضمن المشروعات المتوسطة والصغيرة ومتناهية الصغر أو مساهمو الشركة أو المنشأة الداعمة من الأطراف المرتبطة بالمشروع .
ويقصد بالأطراف المرتبطة وفقا لأحكام هذه الفقرة الأشخاص الطبيعيون وأى من أقاربهم أو أقاربهم بالمصاهرة حتى الدرجة الرابعة، والأشخاص الاعتبارية والكيانات والاتحادات والروابط والتجمعات المالية المكونة من شخصين أو أكثر التى تكون غالبية أسهمهم أو حصص رأسمال أحدهم مملوكة مباشرة أو بطريق غير مباشر للطرف الآخر أو يكون مالكها شخصا واحدا ، كما يعد من الأشخاص المرتبطة الأشخاص الخاضعون للسيطرة الفعلية لشخص آخر أو الأشخاص الذين يجمع بينهم اتفاق عند التصويت في اجتماعات الجمعية العامة للشركة أو مجلس إدارتها .
2 - إذا قام بأى فعل أو سلوك بقصد الحصول على أى من الحوافز المقررة في هذا القانون بغير وجه حق ، بما في ذلك تقسيم أو تجزئة النشاط القائم وقت صدور هذا القانون دون وجود مبرر اقتصادى ، وبقصد الاستفادة بالحوافز أو المعاملة الضريبية المبسطة الواردة به.
ويترتب على توافر أى من الحالتين المنصوص عليهما في الفقرة الأولى ، سقوط التمتع بالحوافز الواردة في هذا الباب والتزام المشروع برد ما يقابل قيمة الحوافز الممنوحة بالمخالفة لذلك .