أكد القس بولس حليم المتحدث الرسمي باسم الكنيسة القبطية وجود عدة أهداف تسعى المكتبة البابوية المركزية التي افتتحها قداسة البابا تواضروس الثاني مساء اليوم، إلى تحقيقها بما يعود بالنفع على الكنيسة والمجتمع المحلي والعالمي، إلى جانب المساهمة في حفظ الإنتاج المعرفي ودعم البحث العلمي.
وجاءت أهداف المكتبة كالتالي:
١- رفع الوعى المجتمعى بالحقبة القبطية كونها حقبة من تاريخ مصر والشرق الأوسط شكلت جزءًا أصيلاً من الوجدان الحضاري والتراث الفكري وما يتعلق بذلك من دراسات.
٢- حفظ الإنتاج المعرفي عن القبطيات الصادر من هيئات أكاديمية معينة بالبحث والتوثيق سواء كان مقروءًا (دراسات، موسوعات، كتب، دوريات، صحف، مجلات) أو مسموعًا أو بصريًا بمختلف اللغات.
٣-تكثيف البحث العلمي في القبطيات وما يتبع ذلك من نشاط في حركة النشر والترجمة في هذا المجال مع سائر المؤسسات المعنية.
٤- جمع التراث القبطي بكل نوعياته وترميمه وتوثيقه وتصنيفه لتسهيل عرضه وإتاحته لجمهور الباحثين والدارسين في مكان واحد بالتنسيق مع الأديرة القبطية والقطاعات الجغرافية بالكنيسة والأفراد من أصحاب المقتنيات الخاصة.
٥- تنشيط ودعم حلقة تبادل المعرفة ومجتمع الباحثين محليًا وعالميا وبالتالي تحقيق نموذج لمؤسسة مصرية ثقافية ناجحة ورائدة قادرة على التفاعل مع مجتمع المعلومات الحديث.