نفت وزارة التعليم العالى، ما تردد من أنباء بشأن إدراج الجامعة المصرية اليابانية ضمن الجامعات الخاصة غير المملوكة للدولة، مُؤكدةً أنه لا صحة لإدراج الجامعة المصرية اليابانية ضمن الجامعات الخاصة غير المملوكة للدولة. وأوضحت فى تقرير رصد الشائعات للحكومة أن الجامعة المصرية اليابانية للعلوم والتكنولوجيا تعد جامعة بحثية حكومية مصرية ذات طبيعة خاصة، مملوكة بالكامل للدولة، تستهدف جذب الشركات والهيئات اليابانية للتعاون معها بحثياً، ونقل التكنولوجيا الجديدة وأساليب العمل المتطورة إلى مصر.
وفي سياق متصل، تعتمد سياسة الجامعة على الاستفادة من النموذج الياباني في "التعلم النشط المبني على التجريب والابتكار" والذي يعتمد على البحث العلمي والتطبيق العملي ومنهجية حل المشاكل؛ وتنفرد الجامعة بتخصصات أكاديمية بينية متفاعلة مع كافة القطاعات الصناعية والإنتاجية والخدمية، باعتبارها جامعة بحثية من الطراز الأول حسب المعايير العالمية، تهدف لخدمة التنمية البشرية في مصر والمنطقة العربية وإفريقيا.