تعتبرالكنيسة الأسقفيةمن أقدم الكنائس فى مصر حيث بدأت فى مصر عام 1800 وبدأت الخدمة أيضًا 1800 ولكن رسميا كان عام 1839 حينما أعطى محمد على باشا قطعة أرض فى ميدان الإسكندرية لتكون مكان بناء لأول كنيسة فى الإسكندرية للطائفة وبعد ذلك صدرت قرارات جمهورية قرارات ملكية لإنشاء كنائس مختلفة للطائفة الأسقفية وبناء الكاتدرائية الأولى التى صدر بيها قانون من مجلس النواب ومجلس الشيوخ وكانت قبل ذلك هناك كنائس كثيرة.
وتم تكريس أول أسقف مصرى، إسحاق مسعد، عام 1984، وأصبح غايس عبد الملك ثانى أسقف مصرى (1984-2000)، ثم رئيس أساقفة المقاطعة (1996-2000). فى عيد القديس مرقس، 25 أبريل 1988، كرست كاتدرائية جميع القديسين الثالثة والحالية فى القاهرة، والتى يمكن وصف شكلها إما بأنها خيمة بدوية (لأن المسيحية متنقلة) أو زهرة لوتس (لأن المسيحيين سيقدمون الحلوة رائحة المسيح) من قبل الأسقف غايس عبد الملك.
وفى عام 2000، أصبح الأسقف منير أنيس ثالث أسقف مصرى عام 2000 ورئيس أسقف الإقليم عام 2007 حتى 2021 إلى أن تم تنصيب المطران سامى فوزى وكان من الأهمية بمكان فى السنوات الأخيرة إنشاء كلية اللاهوت بالإسكندرية والذكرى المئوية لمستشفى هاربور التذكارى فى منوف وولادة مستشفى هاربور التذكارى فى مدينة السادات، عام 2010.