يعتبر دير القديس الأنبا باخوميوس أحد أهم الأديرة الأثرية فى أسوان، حيث يقع على حافة الجبل الغربى لمدينة إدفو محافظة أسوان.
وكان الديــر موجــوداً فيمــا بيــن القــرن الســادس والثامــن، وتبيــن ذلــك مــن أســلوب لغــة المخطوطــات التــى عثــر عليهــا فــى الديــر عــام 1906م والتــى يرجــع تاريخهــا إلى القــرن العاشــر والحــادى عشــر فــى عــام 1832م وفــى حبريــة الأنبــا ميخائيــل أســقف إســنا تــم تجديــد ديــر الأنبــا باخوميــوس غــرب مدينــة إدفــو بالجبــل (حاجــر إدفــو) ثانيــة وترميــم بعضــه.
وكان الديــر قبــل تعميــره عبــارة عــن الكنيســة الأثريــة التــى كانــت كثيــرة الشــروخ فــى قبابهــا وجدرانهــا بجانــب مجموعــة مــن الأفنيــة وبعــض الجــدران والحوائــط القديمــة المتســاقطة والطريــق إلى الديــر ترابــى غيــر ممهــد.
كنائس الدير:
-: الكنيسة الأثرية
فــى عــام 1901م بأنهــا علــى طــراز الأبنيــة ذات القبــاب المتعــددة والمتســاوية Clarke وصفهــا كالرك بذكــر الأنبــا صموئيــل وقســم العمــارة بمعهــد الدراســات القبطيــة بأنهــا ترجــع إلى القــرن الـــ18 الميــلادى.
والكنيســة الأثريــة الحاليــة تتكــون مــن حجــرة مربعــة وصحــن مســتعرض وبهــا 4 هيــاكل مربعــة وبيــن الخــورس الأول والثانــى عمــود بــارز يرقــد تحتــه جســد القديــس الأنبــا باخوميــوس, فــى عــام 1984م تــم ترميــم الكنيســة مــع الاحتفــاظ بــكل خصائصهــا الأثريــة وفــى عــام 1994م تــم تجديدهــا.
: كنيسة السيدة العذراء
رئيس الدير الحالى
الأنبا هدرا
وفــى جلســة المجمــع المقــدس المنعقــدة يــوم الأربعــاء 1980/3/26م برئاســة البابــا شــنودة الثالــث تــم الاعتــراف بديــر القديــس العظيــم الأنبــا باخوميــوس بحاجــر إدفــو ليصبــح الديــر الأول للرهبــان فــى عهــد قداســة البابــا شــنودة الثالــث والعاشــر للرهبــان فــى عــداد الأديــرة القبطيــة الأرثوذكســية.