علق الدكتور خالد منتصر على اتهامات جماعة الإخوان له بأنه عدو المشروع الإسلامى بأن تلك الجماعة تريد أن تضعه فى قالب معين، لافتاً إلى أن مفهوم الإسلام لدى الإخوان هو ألا تعادى أو تنتقد الدعاة المتواجدين على الساحة حالياً مما يتفقون مع فكرهم المتطرف.
وتساءل الدكتور خالد منتصر خلال حواره مع الإعلامى محمد الدسوقى ببرنامجه قصر الكلام، المذاع عبر فضائية النهار، عن سبب وضعه فى إطار عدو الاسلام؟ قائلاً: "أنهى نسخة من الإسلام، الإسلام أصبح إسلامات وليس إسلام واحداً، محمد عبده رجل أزهرى والدكتور عمر عبد الرحمن الذى أفتى بسرقة محلات تجار الذهب فى الفيوم وأفتى ايضاً بقتل نجيب محفوظ أزهرى، إذاً نحن أمام نسخ متعددة من الإسلام، وأنا مع النسخة التى هم أعداؤها، نسخة الإسلام المحب للحياة والإسلام المتسامح".