شهد عام 2016 جهود مشتركة بين وزارة الصحة وصندوق تحيا مصر ،بالإضافة إلى التعاون مع العديد من منظمات المجتمع المدنى لرفع مستوى المنظومة الصحية بالاقصر والتي شملت استمرار العمل في مشروعات تطوير كافة مستشفيات الأقصر والتي بدأت في منتصف عام 2015 لتطوير كافة مستشفيات الأقصر بتكلفة قاربت المليار جنيه لتشمل أعمال التطوير والإنشاء إنشاء مستشفى إسنا الجديدة بتكلفة 160 مليون جنيه وإنشاء مستشفى أرمنت بتكلفة 140 مليون جنيه وإنشاء مستشفى العديسات بتكلفة 95 مليون جنيه وتطوير مشتشفى الأقصر العام بتكلفة 111 مليون جنيه وتطوير مستشفى البيباضية المركزى بتكلفة 127 مليون جنيه تطوير مستشفى إسنا المركزى بتكلفة4.1مليون جنيه بالتعاون مع جمعية الأورمان وتطوير مستشفى الأقصر الدولى بتكلفة 33 مليون جنيه للمرحلة الأولى هذا بالإضافة إلى التجهيزات الطبية والاثاثات التي تتجاوز تكلفتها ال450 مليون جنيه.
وقد شهد عام 2016 افتتاح وحدة الحضانات الجديدة التابعة للمديرية والتي تضم 30 حضانه منها 16 حضانات قامت بتوفيرها وزارة الصحة والباقى تبرعات من الاهالى ومن مؤسسة اسمعونا وكذلك افتتاح المرحلة الأولى من مستشفى شفاء الأورمان لعلاج السرطان يعد ان تم ضغط الجدول الزمنى للعمل ليصبح 15 شهر بدلا من 36 وتم افتتاح المرحلة الأولى في مايو 2016 لتقوم المستشفى بتقديم خدمة لاهالى محافظات جنوب الصعيد وتزيل عن كاهلهم عبء ومشقة السفر الدائم لتلقى العلاج و افتتاح أول مركز لعلاج فيروس الذى قام بإنشاؤه صندوق تحيا مصر ضمن الحملة القومية للسيد رئيس الجمهورية والتي يقوم بها صندوق تحيا مصر لعلاج فيروس c سعيا للقضاء على مشكلة نقص الأطباء التي يعانى منها القطاع الصحى بالأقصر قامت وزارة الصحة بالاتفاق مع البنك الدولى بتنفيذ مشروع لتوفير عدد من الأطباء للعمل بالوحدات الصحية التي تعانى من عدم وجود أطباء لها وتم التعاقد مع 18 طبيب حتى الان.
كما تم توقيع اتفاقية تعاون بين المبادرة المصرية للتنمية المتكاملة (نداء) التابعة لوزارة التعاون الدولى - البرنامج الأنمائى للأمم المتحدة ومديرية الصحة لتطوير الوحدة الصحية لدعم وتطوير وحدة النجوع بحرى الصحية - النواصر بمركز ومدينة إسنا، وفقاً لنموذج طب الأسرة بكافة تفاصيله كما قامت مؤسسة الزكاه بالتعاون مع نواب البرلمان باسنا بتوفير 10 وحدات للغسيل الكلوى بمركز ومدينة إسنا وقامت وزارة الصحة بتنفيذ 47 قافلة طبية في مختلف التخصصات شملت مختلف مدن ومراكز المحافظة شملت تخصصات عدة من بينها (باطنة – أطفال – نساء – جراحه – أنف وأذن – جلدية – مسالك بولية –عظام – أسنان ) كما تم بدء برنامج بالتعاون بين وزارة الصحة ووزارة الهجرة لاستقدام خبراء المصريين في الخارج للعمل في مستشفيات مصر لتدريب شباب الأطباء المصريين بمصر وقد شهدة المستشفى الدولى بالاقصر أولى فعاليات البرنامج وتم استقدام خبير في البريطاني من اصل مصرى سامح ألفونس المتخصص في جراحات العظام لاجراء عمليات بالأقصر.