واحدة من أكثر الطوائف الدينية إثارة للجدل في التاريخ الإسلامي، هي الطائفة الباطنية الشيعية، وهو مصطلح يطلق على عدة فرق إسلامية مختلفة منها، الإسماعيلية والقرامطة والخرمية، وقد تشير أيضا إلى فرق غير إسلامية كالمزدكية، إلا أنه يطلق بشكل مخصوص على الفرقة الإسماعيلية.
لفظ الباطنية مأخوذ من كلمة بطن بمعنى خفي فهو باطن، جمعه بواطن، واستبطن أمر وقف على دخلته، والباطنة بالكسرة، السريرة، والباطن هو داخل كل شيء ومن الأرض ما غمض يسمى باطنا، وسبب تسميتهم بهذا الاسم لأنهم يزعمون أن لظواهر القرآن بواطن يعرفونها دون سواهم، وقال الشهرستاني في سبب تسميتهم بهذا اللقب: "إنه لزمهم بهذا اللقب لحكمهم بأن لكل شيء ظاهرا وباطنا، ولكل تنزيل تأويلا".
وبحسب المصادر الإسلامية، اختلف الباحثون في تحديد زمن ظهور مذهب الباطنية وهو خلاف مبرر، إذ من أصول مذهبهم عدم نشر عقائدهم وأفكارهم، بينما يذكر الإمام السيوطي أن أول ظهور للباطنية كان في سنة اثنتين وتسعين للهجرة، وذهب البعض إلى أن ظهورهم كان سنة 205هـ وقال آخرون سنة 250 ، ويرى البعض أن ظهور مذهب الباطنية كان سنة 276هـ حينما قام زعيمهم ميمون القداح بإنشاء هذا المذهب، وينسب البعض ظهور الباطنية إلى حسن الصباح، الملقب بالسيد أو شيخ الجبل، حيث ينسب له تأسيس ما يعرف بـ الدعوة الجديدة أو الطائفة الإسماعيلة النزارية المشرقية أو الباطنية أو الحشاشون حسب التسمية الأوروبية.
يرى علماء الفرق والتاريخ أن بداية ظهور حركة الباطنية في أيام المأمون على يد حمدان بن قرمط, وعبد الله بن ميمون القداح، وأن هذه الدعوة انتشرت في زمن المعتصم العباسي، وأنهم اجتمعوا في سجن المهدي، للتنسيق بينهم، وكانوا أربعة رجال، وهم: أحمد بن الحسين، وعبد الله بن ميمون بن قداح، والزنداني، وحمدان بن قرمط.
بينما يذهب الدكتور محمد أحمد الخطيب في الأصل التاريخي للباطنية: الواقع أن مؤرِّخي الفِرَق مختلفون في أصلها ومصدرها؛ فمنهم مَن يُرجِعها إلى المجوس، ومنهم مَن ينسبها إلى صابئة حران، إلاَّ أن هذا الاختلاف يزول عندما نعرف أن الأصول التي يعتمد عليها الباطنية بكلِّ فِرَقِها وطوائفها نابعةٌ من الفلسفة اليونانية التي غزت بأفكارها الكثير من الفرق.
وبحسب موسوعة "الدرر السنية" فالباطنية لقب عام تشترك فيه عدة فرق وينضوي تحت لوائه طوائف متعددة القاسم المشترك بينها تأويل النصوص الشرعية عن معناها الظاهر إلى معان باطنية غير معهودة ومعروف لدى المسلمين شرعاً أو لغة أو عقلاً ومن أشهر هذه الفرق طائفتا الإسماعيلية والقرامطة.
وقد اقتصر ابن الجوزي والغزالي عليهما ولم يتعرضا لبقية الفرق الأخرى والسبب في ذلك أن الفرق الأخرى عندهما كالنصيرية أو الدروز إما أنها في أصلها ترجع إلى الشيعة الإمامية كالنصيرية أو أنها تعتبر فرعاً من فروع إحدى الفرق الباطنية التي ذكروها كالإسماعيلية فإن الدروز من الفرق التي انشعبت من الإسماعيلية.
وتتفق أغلب الطوائف على خروج تلك الطائفة عن الإسلام، كما ذكر ذلك الإمام الغزالي في كتابه "فضائح الباطنية": ضرر الباطنية على فرق المسلمين أعظم من ضرر اليهود والنصارى والمجوس عليهم، بل وأعظم من الدهرية وسائر أصناف الكفرة عليهم"، فالباطنية ليست مذهبا إسلاميا أو فرقة من فرق أهل الإسلام، وإنما هي مذهب وطريقة أراد بها واضعوها هدم الإسلام وإبطاله عقيدة وشريعة.
وبالنسبة للباطنية في العصر الحديث فقد استمرت سلسلة الباطنية وأئمتها وانقسمت إلى فرقتين: فرقة تسمى البهرة والآغاخانية وهؤلاء موجودون في الهند في منطقة من مناطق اليمن تُسمى جبل حراز وما حوله، وأيضاً في جنوب الجزيرة العربية في بعض القبائل، وهؤلاء يسمون بـالإسماعيلية أو الآغاخانية، على أساس أن الآغاخانية هذه أو البهرة هؤلاء مختلفون هم وبقية الإسماعيلية.