يتميز المتحف الفن الإسلامى بمنطقة باب الخلق بمجموعة كبيرة من القطع الأثرية المهمة، لمختلف الفترات، ومن ضمن ما يتم عرضه داخل المتحف مجموعة من شبابيك قلل من الفخار تعود للعصر الفاطمى والأيوبى والمملوكى القرن 4 ـ 8هـ، 1401م، وأوانى من الفخار مزين بزخارف بارزة، تعود للعصر الأيوبى أو المملوكى القرن 6 ـ 7 هـ، 12 ـ 13م.
يوجد شباك القلة أسفل الرقبة من الداخل، وكان له وظائف متعددة، أهمها تنظيم خروج المياه من القلة وكذلك منع الحشرات والشوائب من تلويث المياه، وهى تعكس حب الجمال لدى الفنان المسلم، حيث إن هذه الشبابيك كان ينفذ عليها العديد من الزخارف المتنوعة، مثل الرسوم الآدمية والأشكال الخرافية ورسوم الطيور والحيوانات والزخارف النباتية والهندسية والعانصر الكتابية التى اشتملت على عبارات دعائية ومواعظ وأقوال مأثورة وتوقيعات للصناع.
ويبرهن ذلك على عدم اقتصار الفنون الإسلامية على طبقة السلاطين والحكام وكبار رجال الدولة، كما كانت هذه الزخارف لا ترى إلا لمن يشرب من القلة فقط، وهو ما يؤكد على أن الفنان المسلم كان محبًا للجمال فى حد ذاته، وأن الفن الإسلامى كان يخدم كل فئات المجتمع، وهناك من يرى أن الزخارف المنفذة على بعض هذه التحف كانت مصدرًا لإلهام بيكاسو رائد المدرسة التكعيبية الحديثة فى التصوير.
وتعود قصة المتحف إلى 28 ديسمبر عام 1903 حيث تم افتتاح المتحف لأول مرة، خلال عهد الخديوى عباس حلمى الثانى، وكان الهدف من إنشائه جمع الآثار والوثائق الإسلامية من العديد من أرجاء العالم مثل مصر، وشمال أفريقيا، والشام، والهند، والصين، وإيران، وشبه الجزيرة العربية، والأندلس.
بدأت الفكرة فى عصر الخديوى إسماعيل وبالتحديد عام 1869م، لكن ظلت قيد التنفيذ حتى عام 1880 فى عهد الخديوى توفيق، وبالفعل بدأ التنفيذ عندما قام فرانتز باشا بجمع التحف الأثرية التى ترجع إلى العصر الإسلامى فى الإيوان الشرقى لجامع الحاكم بأمر الله.