اعتلى توت عنخ آمون العرش حوالي عام 1332 قبل الميلاد وبالنظر إلى صغر سنه كان الملك الصبي يعتمد بشدة على المستشارين، في مرحلة ما، غير اسمه من توت عنخ آتون إلى توت عنخ آمون وأزال كلمة "آتون" واستبدلها بـ "آمون"، اسم الإله المصري ويوضح هذا التغيير نبذ الملك توت التغييرات الدينية لوالده إخناتون الذى أراد تحويل الديانة المصرية إلى عبادة إله واحد وإعادة مصر إلى معتقداتها السابقة.
أدان توت عنخ آمون أفعال والده في لوحة عُثر عليها في الكرنك بالقرب من الأقصر الحديثة والتي ذكرت أن ثورة إخناتون الدينية تسببت في تجاهل الآلهة لمصر وفقا لموقع لايف ساينس، وفى جزء من اللوحة جاء: "معابد ومدن الآلهة والإلهات بدءًا من الفنتين حتى مستنقعات الدلتا سقطت في الانحلال وسقطت مزاراتها في الخراب، بعد أن أصبحت مجرد تلال مليئة بالعشب، كانت الآلهة تتجاهل هذه الأرض".
ووفقا لموسوعة بريتانيكا فإنه مع وفاة سمنخ كا رع، أصبح توت عنخ آمون ملكًا، وتزوج من ابنة أخناتون الثالثة، أنكيسنباتون (التي عُرفت لاحقًا باسم عنخيسينامين، والتي ربما تكون أكبر أميرات العائلة المالكة الباقية على قيد الحياة، ولأنه كان لا يزال صغيراً عند توليه الرئاسة، فقد عمل المسؤول المسن آي، الذي كان له علاقات طويلة مع العائلة المالكة، وكان قائد الجيوش، حور محب، رئيسًا لمستشاري توت عنخ آمون.
بحلول عام حكمه الثالث، تخلى توت عنخ آمون عن أخيتاتون ونقل مقر إقامته إلى ممفيس بالقرب من القاهرة الحديثة وغير اسمه إلى توت عنخ آمون وأصدر مرسوماً بإعادة المعابد والصور والأفراد وامتيازات الآلهة القديمة، كما بدأ العملية المطولة لترميم الأضرحة المقدسة لآمون، التي تضررت بشدة خلال حكم والده إخناتون.