قضى الدكتور نصر حامد أبو زيد 15 سنة فى الغربة، بعدما حكمت المحكمة عليه بالتفريق بينه وبين زوجته الدكتورة ابتهال يونس، إذ غادر مصر فى سنة 1995 متجها إلى هولندا، وعاد ليموت فى أرض مصر فى 5 يوليو 2010.
محنة كبيرة مر بها الدكتور نصر حامد أبو زيد منذ سنة 1992 بعدما تقدم بأبحاثه العلمية للترقي لدرجة الأستاذية فى كلية الآداب جامعة القاهرة، لكن الدكتور عبد الصبور شاهين تربص بالأبحاث، واتهم الدكتور نصر حامد أبو زيد بأنه يهاجم الدين وحول الأمر إلى قضية رأي عام ورفعت القضايا على الدكتور نصر وحكمت المحكمة بالتفرقة بين الدكتور نصر وزوجته، والتي خرج على إثرها الدكتور نصر مختارا الغربة فى هولندا.
وفى سنة 2020 عاد نصر حامد أبو زيد مريضا، مصابا بفيروس مجهول، لم يعرف كنهه، ودخل فى غيبوبة لم تطل، رحل على إثرها فى أحد مستشفيات مدينة 6 أكتوبر يوم الاثنين 5 يوليو، وشيع إلى مثواه الأخير في مسقط رأسه بقرية قحافة في مدينة طنطا.
رحل نصر حامد أبو زيد وخلف عددا من الكتب العلمية القيمة والأبحاث التي تدور حول الدراسات الإسلامية، من وجهة نظر فلسفية، كما ترك لنا دليلا قويا على أننا لم نزل فى مرحلة صعبة فى العقلية التي لا تستوعب البحث العلمي ولا تتقبل أي دراسات تختلف عما هو مستقر فى الأذهان.