خرج النبى محمد صلى الله عليه وسلم من مكة مهاجرا إلى المدينة تاركا الصحابي الجليل على ابن ابى طالب فى فراشه وكان ذلك في عام 14 للبعثة، الموافق لـ 622م، واتُّخِذَت الهجرة النبوية بداية للتقويم الهجري.
وكان النبي محمدٌ قد أمر عليًا أن يؤدي الأمانات إلى أهلها ففعل، حيث كان أهل قريش يضعون أماناتهم عند النبي محمد، وكانوا في مكة يعلمون أن عليًا يتبع النبي محمدًا أينما ذهب، لذا فإن بقاءه في مكة بمثابة تمويه لجعل الناس يشكون في هجرة النبي لاعتقادهم بأنه لو هاجر لأخذ عليًا معه، وبقي علي في مكة ثلاثة أيام حتى وصلته رسالة النبي محمد عبر رسوله أبي واقد الليثي يأمره فيها بالهجرة للمدينة.
وذكر ابن هشام أن النبي وأبا بكر لما دخلا إلى غار ثور ضربت العنكبوت على بابه بعش، فخرجت قريش في طلبه حتى وصلوا باب الغار، فقال بعضهم: "إن عليه العنكبوت قبل ميلاد محمد" فانصرفوا، وقصة العنكبوت والحمامتين قد ضعفها بعض المحدثين وحسنها بعضهم، والذي ثَبت في صحيح مسلم قول أبي بكر الصديق: «نظرتُ إلى أقدامِ المشركين على رؤوسِنا ونحن في الغارِ، فقلتُ : يا رسولَ اللهِ ! لو أنَّ أحدَهم نظر إلى قدمَيه أبصَرَنا تحت قدمَيه، فقال: "يا أبا بكرٍ ! ما ظنُّك باثنَين اللهُ ثالثُهما".
ووفقا لسيرة ابن هشام خرج النبي محمد وصاحبه من الغار متجهان إلى يثرب، وكانت قريش قد جعلت جائزة 100 ناقة لمن يردّ محمدًا عليهم، وبينما هما في الطريق، إذ عرض لهما سراقة بن مالك وهو على فرس له، فدعا عليه النبي محمد فساخت قوائم فرسه، فقال: "يا محمد أدع الله أن يطلق فرسي وأرجع عنك وأرد من ورائي" ففعل فأطلق ورجع فوجد الناس يلتمسون النبي محمدا فقال: "ارجعوا فقد استبرأت لكم ما ههنا" فرجعوا عنه، ويروي سراقة بن مالك قصة لحاقه بالنبي فيقول:
جاءنا رُسُل كفار قريش يجعلون في رسول الله ﷺ، وأبي بكر، دية كل منها لمن قتله أو أسره، فبينما أنا جالس في مجلس من مجالس قومي بني مدلج، إذ أقبل رجل منهم حتى قام علينا ونحن جلوس، فقال: يا سراقة إني رأيت آنفا أَسْوِدة. بالساحل أُراها محمدًا وأصحابه، قال سراقة: فعرفت أنهم هم: فقلت له: إنهم ليسوا بهم، ولكنك رأيت فلانًا وفلانًا انطلقوا بأعيننا، ثم لبثت في المجلس ساعة، ثم قمت فدخلت فأمرت جاريتي أن تخرج بفرسي، وهى من وراء أكمة فتحبسها علي، وأخذت رمحي فخرجت به من ظهر البيت فخططت بزجه الأرض وخفضت عالية حتى أتيت فرسي فركبتها فرفعتها تقرب بي حتى دنوت منهم فعثرت بي فرسي فخررت عنها، فقمت فأهويت يدي إلى كنانتي فاستخرجت منها الأزلام فاستقسمت بها، أضرهم أم لا، فخرج الذي أكره، فركبت فرسي، وعصيت الأزلام؛ تُقَرّب بي، حتى إذا سمعت قراءة رسول الله ﷺ وهو لا يلتفت، وأبو بكر يكثر الالتفات، ساخت يدا فرسي في الأرض، حتى بلغتا الركبتين، فخررت عنها، ثم زجرتها فنهضتْ فلم تكد تخرج يديها، فلما استوت قائمة إذا لأثر يديها عثان ساطع في السماء مثل الدخان، فاستقسمت بالأزلام فخرج الذي أكره، فناديتهم بالأمان فوقفوا فركبت فرسي حتى جئتهم ووقع في نفسي حين لقيت ما لقيت من الحبس عنهم، أن سيظهر أمر رسول الله ﷺ فقلت له: إن قومك قد جعلوا فيك الدية، وأخبرتهم أخبار ما يريد الناس بهم، وعرضت عليهم الزاد والمتاع فلم يرزآني. ولم يسألاني، إلا أن قال: أخف عنا، فسألته أن يكتب لي في كتاب آمن، فأمر عامر بن فهيرة فكتب في رقعة من أديم ثم مضى رسول الله ﷺ.