خليفة كايد المهندى واحد من أدوات تنظيم الحمدين فى إشعال نيران الفتنة والإرهاب، ظهر على السطح مع تسريب المكالمة الهاتفية التى جمعته بسفير الدوحة فى مقديشيو، حسن بن حمزة بن هاشم، حيث أخبر المهندى سفير الدوحة بأن المتطرفين قاموا بتفجير فى مدينة بوصاصو الصومالية لتعزيز مصالح قطر.
وبحسب تقرير بثتة قناة "مباشر قطر"، فإنه على الرغم من محاولات النظام القطرى نفى علاقة خليفة المهندى بحكومة تميم بن حمد، إلا أن الوقائع أثبتت عكس هذه الادعاءات القطرية؛ فالمهندي، وفقا لما نشرته وكالات الأنباء والصحف الإندونيسية، ما هو إلا ضابط استخبارات يتخذ من وصفه كرجل أعمال ستارا لتنفيذ أجندة الحمدين التخريبية.
وتابع تقرير قناة المعارضة القطرية، :"قبل شهر واحد فقط ظهر خليفة كايد المهندى ضمن وفد رسمى كان يرافق أمير قطر تميم بن حمد فى إحدى جولاته الخارجية، حيث هبط فى 7 يونيو الماضى أمير قطر فى إحدى المقاطعات الإندونيسية، تحديدا فى "موميري"، مصطحبا معه وفدا رسميا، تضمن عددا من الشخصيات القطرية البارزة، من بينهم خليفة كايد المهندي، وهو ما يثبت علاقات المهندى بنظام الحمدين، الذى يتهرب منه اليوم..بالإضافة إلى ذلك، قبل عامين أكد الناطق باسم الجيش الليبى أحمد المسمارى أن المهندى ضابط فى الاستخبارات القطرية، يعمل كثيرا فى تونس، ومهمته تمويل الإرهابيين فى ليبيا، من خلال تحويله أموالا من حسابه البنكى لقيادات هذه الجماعات الإرهابية".